含有大量的有機物的水在通過除鹽系統時會污染離子交換樹脂，特別容易污染陰離子交換樹脂，使樹脂交換能力降低。有機物在經過預處理時（混凝、澄清和過濾），約可減少50%，但在除鹽系統中無法除去，故常通過補給水帶入鍋爐，使爐水pH值降低。有時有機物還可能帶入蒸汽系統和凝結水中，使pH降低，造成系統腐蝕。在循環(huán)水系統中有機物含量高會促進微生物繁殖。因此，不管對除鹽、爐水或循環(huán)水系統，COD都是越低越好，但并沒有統一的限制指標。在循環(huán)冷卻水系統中COD（DmnO4法）>5mg/L時，水質已開始變差。